薬務管理室・薬品情報室・薬剤管理指導室・調剤室・注射薬室・麻薬管理室・製剤室・薬品試験室の8部門で構成されています。また、その他にも臨床研究センターや安全管理部、五島市の富江病院へも薬剤部から薬剤師を配属しています。
また、教官として准教授1名、助教1名が常勤しており、薬学部から助教1名が常駐しています。さらに学生実習実施時には薬学部より准教授1名が来院し一緒に指導に当たっています。
2024年5月現在（薬剤師69名 学位取得者 薬学博士11名、医学博士3名）
教授・薬剤部長
大山 要
准教授・副薬剤部長
兒玉 幸修
薬剤師10名、調剤補助員1名
製剤室室長
内田 隆寛
薬剤師4名（うち1名併任）、事務補佐員1名
薬務管理室長
能勢 誠一
薬剤師27名（うち2名併任）
副薬剤部長・
薬剤管理指導室長
中川 博雄
薬剤管理指導室長
松永 典子
薬剤師6名、調剤補助員3名（うち2名併任）
副薬剤部長・調剤室長
原澤 仁美
薬剤師7名、調剤補助3名（うち2名併任）
薬剤師2名（うち1名併任）
注射薬室長/麻薬管理長
龍 恵美
薬剤師6名、事務補佐員
薬品情報室長
橋詰 淳哉
薬品情報室 主任薬剤師
伊藤 直子
薬剤師5名（うち1名併任）
薬品試験室長
今村 政信
薬剤師6名
臨床研究センター
副センター長
鶴丸 雅子
薬剤師2名（うち1名併任）
安全管理部 助教
里 加代子